手术方法目前主要有两种，神经核毁损术和脑深部电刺激术。其中神经核毁损术常用的靶点是丘脑腹中间核和苍白球腹后部，以震颤为主的患者多选取丘脑腹中间核，而以僵直为主的多选取苍白球腹后部作为靶点。这两种方法中神经核毁损术费用低，且也有一定疗效，因此在一些地方仍有应用；脑深部电刺激术因其微创、安全、有效，已作为手术治疗的首选。

       手术对肢体震颤和肌强直的效果较好，但对中轴症状如姿势步态异常、吞咽困难等功能无明显改善。而且手术与药物治疗一样，仅能改善症状，既不能根治疾病，也不能阻止疾病的进展，术后仍需继续服用药物，但可减少剂量。另外需要注意的是手术治疗对继发性帕金森综合征和帕金森叠加综合征患者无效。